Первая церковь святителя Леонтия Ростовского, вокруг которойобразовалось село Починок (староеназвание села Кубинка), была деревяннойи построена по преданию вдоль старой Смоленской дороги у истоков реки Сетунь. Упоминание об этом селе есть в одной из грамот 15 века при описании владений Саввино-Сторожевского монастыря.

В 1803-1809 гг., на рубеже XVII-XVIII веков, по благословению священноначалия, в селе Кубинка взамен старой деревянной церкви был построен каменный храм в честь святого Архангела Михаила – предводителя небесного воинства с одним из приделов в честь святителя Леонтия Ростовского.

Тогда вокруг церкви сложился центр общественной жизни села. Сюда в храм собирались люди со всей округи. Храм объединял людей, совершенно разных по своему социальному происхождению, богатству и образованию.В храме проходила вся жизнь сельчан – здесь крестили, венчали, провожали в последний путь. Около храма проходили мирские сходы, устраивали гулянья, пели, водили хороводы. Храм объединял село, был его духовным центром.

К сожалению, не найдено исторических сведений освященнослужителях, которые строилихрам в 1803-1809 годы. Это связано с пожарами и бедствиями, которые понес православный русский народ в Отечественной войне 1812 года.
В 1812 году храм Архангела Михаила оказался на пути наполеоновских полков, рвавшихся к Москве с запада. Святой Архангел Михаил - покровитель воинства небесного, стал покровителем воинства земного. Во время Бородинского сражения в храме непрестанно молились о победе, одновременно в нём располагался госпиталь для раненых солдат. Источники свидетельствуют, что командующий арьергардом русской армии генерал Милорадович М.А. наблюдал с высокой колокольни за передвижением французских войск.

После войны, в 1813 году трудами прихожан подруководством   священника Никиты Иванова, дьякона Александра Алексеева возобновилось Богослужение в храмеАрхангела Михаила.

К средине XIX века в связи с увеличением прихожан и теснотой вхраме были сделаны пристройки с северной и южной стороны. В 1862 году заботами священника Иоанна Недоумова, дьякона Иоанна Цветкова и трудами прихожан были пристроены алтарные части нынешних приделов – южного в честь святителя Леонтия Ростовского и северного в честь святителя Николая архиепископа Мирликийского чудотворца.

Трудами священников Венедикта Троицкого, Петра Виноградова, дьякона Иоанна Христофорова  и  прихожан, храм Архангела Михаила приобрел нынешний вид. Холодный храм с центральным приделом Архистратига Михаила был соединен с теплыми северным и южным приделами устройством арок. Был отлит колокол в 300 пудов (5 тонн) взамен старого в 154 пуда. В 1909 году приход праздновал 100-летие открытия храма. 

После октябрьской революции представители новой власти вынесли из храма Архангела Михаила все ценное, разрушили колокольню. Тем не менее, еще без малого 20 лет в храме совершались Богослужения, до 1937 года – периода репрессии священнослужителей.

26 ноября 1937 года настоятель храма пресвитер Григорий Воинов отслужил последнюю воскресную Божественную Литургию перед закрытием храма. После Богослужения он был арестован, а 8 декабря 1937 годарасстрелян на Бутовском полигоне. Ныне он прославлен в лике священномучеников Русской Православной Церкви.

После этого храм превратили сначала в конюшню, затем в годы Великой Отечественной войны в склад боеприпасов, пекарню, конфетную фабрику, склад сельпо, а затем в оптовый магазин ГОССНАБА СССР.   

Возрождение храма Архангела Михаила началось в 1994 году,игумен Лука отслужил молебен - первый за долгие годы запустения и безбожия. А уже в следующем, 1995 году, в полуразрушенном храме священник Константином Молчанов совершил первую после многих лет забвения Божественную Литургию, положив начало духовной жизни поселка Кубинка.

В 1994 году северный придел храма был освящен в честь Иверской иконы Божией Матери. В 1996 году храм Архангела Михаила стал Патриаршим Подворьем. С 2000 года при храме действует воскресная церковно–приходскаяшкола, библиотека.

21 ноября 2003 года приход отметил 200-летие со дня закладки основания храма. В подготовке к празднику принимал участие А. Г. Гладышев, глава Одинцовского района, который выделил средствана ремонт храма. На территории храма была возведена деревянная крестильная и колокольня. К юбилею храма братия Саввино-Сторожевского мужского ставропигиального монастыря подарили приходу колокола.

В период с 2007 по 2012 годы на территории храма построены церковные здания для воскресной церковно-приходской школы.  

В 2009 году исполнилось 200 лет со времени первого Богослужения в храме Архангела Михаила. Сквозь столетия, пронесшиеся над нашей землей огненными вихрями войн, разрушений, гонений - сквозь все это прошел храм Архангела Михаила, как символ неистребимого стремления человека к духовным вершинам, как живое свидетельство того, что Бог поругаем не бывает, что нет преград, которые не преодолела бы вера Христова. И никаким дьявольским козням не дано победить силу Начальника Воинства Небесного – Архистратига Михаила.
13 Ноября 2016г. по благословлению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла в Храме Архангела Михаила было совершено Великое освящение(миропомазание). После осквернений и поруганий храма, которое, к сожалению, происходило за его 300-летнюю историю, во всех трех приделах были положены мощи - в придел Иверской иконы Божьей Матери (левый) – частицу мощей священномученика Владимира (Четверина), в придел Святителя Леонтия Ростовского (правый) – частицу мощей священномученика Николая (Любомудрова) Ярославского, в Архангельский придел (центральный) - частицы мощей святых преподобомученников во обители св. Саввы убиенных. Освящал храм Преосвященнейший епископ Савва (Воскресенский). Сослужили ему отец благочинный прот. Виктор Сандар, священники и иподьяконы Московской Патриархии.

Центральный – Архангела Михаила, освящен Великим Архиерейским чином 13.11.2016 Епископом Воскресенским Саввой.
21 ноября - Собор Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил бесплотных – храмовый Праздник;
19 сентября - Воспоминание чуда Архистратига Михаила, бывшего в Хонех – престольный Праздник;

Предел Святителя Леонтия, епископа Ростовского, освящен Великим Архиерейским чином.
(23) 5 июня святителя Леонтия, епископа Ростовского- престольный Праздник;

Предел Иконы Божьей Матери «Иверская», освящен Великим Архиерейским чином.
25 февраля Иверской иконы Божией Матери- престольный Праздник;
6 мая Иверской иконы Божией Матери- престольный Праздник;
26 октября Иверской иконы Божией Матери- престольный Праздник;
8 декабря память священномученика пресвитера Григория Воинова- храмовый Праздник;